探讨将基于惩罚函数的变量选择方法应用到遗传位点分析。以2016 年9 月16 日的全国研究生数学建模竞赛B题的数据为例，首先对每个位点的碱基对(A、T、C、G)编码方式数值化处理，最后用数值化后的数据进行建模，并将单变量选择Logistic SCAD、组变量选择Logistic Group SCAD模型和双层变量选择Logistic cMCP 模型定位到与遗传性疾病显著相关的遗传位点，分别与出题者提供的标准答案进行对比，结果显示双层变量选择Logistic cMCP 模型能够准确的定位到与遗传性疾病显著相关的遗传位点。因此将其运用到具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析是值得研究的。